Kirchdorf liegt auf einem dem Belpberg südlich vorgelagerten Plateau zwischen dem Aaretal und Gürbetal. Das Gemeindegebiet, das 608 ha umfasst, reicht einerseits bis an die Aare und andererseits bis ins Gürbetal hinunter. Nördlich des Dorfes liegt der unter Naturschutz stehende Gerzensee mit seinem ausgeprägten Seerosen- und Schilfgürtel und den flankierenden Baumbeständen. Der See mit dem unmittelbaren Ufergebiet ist Privatbesitz des Studienzentrums der Nationalbank in Gerzensee. In Kirchdorf und der Nachbargemeinde Mühledorf bestehen zwei einfach angelegte Badeanlagen, die nur von den Anstössergemeinden, zu denen nebst Kirchdorf noch Gerzensee gehört, benützt werden dürfen. Im Winter friert der See bei einer länger andauernden Kälteperiode zu und wird zu einer einzigen Natureisfläche, die zum Eislaufen und zu ausgedehnten Spaziergängen einladet. Auf einem flachen Höhenzug am Muldenrand östlich des Sees führt der Wanderweg von Kirchdorf nach Gerzensee. Kurz nach dem Dorfausgang wird das „Lindli“ erreicht, ein sich lohnender Aussichtspunkt mit Blick auf den See, die Stockhornkette, den Niesen und die markanten Gipfel der Berner Alpen. Kirchdorf kann mit dem Postauto von den Bahnstationen Wichtrach oder Münsingen im Aaretal, wie auch von Kaufdorf im Gürbetal aus, erreicht werden. Auf das Strassennetz bezogen liegt Kirchdorf an der Querverbindung von Thun nach Belp oder vom Emmental über Kiesen nach Riggisberg und Schwarzenburg.